تالاب انزلی به دلیل ورود فاضلاب های خانگی و کشاورزی پنج شهر با افزایش رسوبات و لجن ها، کاهش عمق و حجم آب و در نتیجه نابودی تنوع زیستی مواجه است. سازمان حفاظت محیط زیست درصدد آن است که از طریق روش «بایوجیمی» عمق لجن ها را کاهش دهد اما فعالان محیط زیست نسبت به خطرات احتمالی این طرح برای سلامت آبزیان و شهروندان این منطقه نگران هستند و معتقدند که ترکیب به کاررفته در روش «بایوجیمی» سرطان زاست.